تم إنشاء المركز الإقليمي للأغذية والأعلاف عام 1980 تحت إشراف وزارة الزراعة المصرية بموجب خطاب النوايا الذي تم توقيعة عام 1970 بالتعاون مع الحكومة الدنماركية.

وفي عام 1980 بد ا نشاطة تحت مُسمى معمل تحاليل البروتين وفي عام 1982 تغير الاسم إلى المعمل المصري الدنماركي للتحاليل الكيميائية والبيولوجية. في عام 1987 تم تغير اسمه ليُصبح المعمل المركزي للأغذية والعلاف واصبح تحت مظلة مركز البحوث الزراعية ، وفي 2007 صدر قرار وزاري بتسميتة المركز الإقليمي للأغذية والأعلاف.

وقد بدا العمل به بعدد 5 افراد ثم أصبح  أكثر من 600 فرد في وقتنا الحالي ،  ثم تطور العمل ليصل عدد المعامل الى 27 معمل متخصص. ويعتبر المركز الإقليمي للأغذية والأعلاف مسئولاً عن مُراقبة جودة كُلاً من الأعلاف المُصنعة وخاماتها المُستوردة بالإضافة إلى مساهمته في إعداد وتنفيذ الخطط البحثية للنهوض بمستوى تغذية الإنسان والحيوان.  هذا وقد بدأ المركز الإقليمي للأغذية والأعلاف منذ عام 2002 المشاركة في الإختبارات الاحترافية مع كل من BIPEA بفرنسا و  FAPAS بالمملكة المُتحدة.  

وتم إعتماد المركز الإقليمي للأغذية والأعلاف من المؤسسة الأمريكية لإعتماد المعامل A2LA وحصولة على شهادة الإعتماد الدولي ISO/IEC 17025 في مجال إختبارات التحاليل الكيميائية عام 2004 ويتم تجديد الإعتماد دورياً حتى وقتنا الحالي.